Om de grote expeditie van 2010 voor te bereiden werd er in 2009 een verkennende expeditie georganiseerd. Op 14 juni 2009 vertrokken 11 Congolese en 9 Belgische onderzoekers per boot vanuit Lisala. Op drie weken tijd legden ze het bijna 500 km lange traject tot Kisangani af.

Tijdens de expeditie legden de dierkundigen een collectie aan van weefsels en specimens. Er werden wateranalyses uitgevoerd, bodemstalen genomen en de plantkundigen maakten een inventarisatie van de vegetatie. De ervaringen die de wetenschappers hiermee opdeden lieten toe om tijdens de expeditie 2010 de technieken voor het veldwerk te optimaliseren. De expeditie 2009 leverde ook nieuwe geografische gegevens op waarmee nadien nauwkeurigere kaarten van de regio konden gemaakt worden. Deze kaarten zijn van zeer groot belang omdat ze gekoppeld worden aan de databank waarin alle resultaten van de expedities worden ingevoerd.