Afin de préparer la grande expédition de 2010, une expédition de reconnaissance a été menée en 2009. Le 14 juin 2009, 20 scientifiques (11 congolais et 9 belges) ont quitté Lisala par bateau. En 3 semaines ils ont parcouru près de 500km et rejoint Kisangani.

Durant cette expédition les botanistes ont collectés nombreux tissus et spécimens,
des analyses de l’eau ont été entreprises, des échantillons du sol prélevés et les botanistes ont pu inventorier la végétation. L’expérience ainsi engrangée par les scientifiques a permis gagner en efficacité dans le travail sur le terrain lors de l’expédition 2010. L’expédition 2009 a aussi livré de nouvelles données géographiques qui ont permis d’actualiser les cartes de la région. Ces cartes ont une grande utilité car elles sont couplées à la base de données qui reprend les résultats de ces expéditions.